Inklinking is een urgent probleem. Sites die nu afgedekt liggen zullen in de komende jaren in het bereik van de ploeg komen te liggen. Verdroging, mede als gevolg van inklinking, leidt ertoe dat de organische component in de bodem vergaat. Rond Schokland wordt een aantal maatregelen getroffen, zoals het verhogen van de grondwaterstand en het uit productie halen van landbouwgrond. De Werelderfgoedstatus van Schokland legt hierbij gewicht in de schaal. Toch is het een ingewikkeld proces.
Behoud van vindplaatsen
Vele tientallen vindplaatsen die in situ worden behouden, zijn afgedekt met een flinke laag zand voor bewoning. Er wordt echter niet altijd gekeken naar het werkelijke behoud van de vindplaatsen. Bij het aanbrengen van zandlichamen/ophogingen zou bepaald moeten worden of en in welke mate er zetting/compactie optreedt van de onderliggende archeologische lagen. Ook zou er een nulmeting uitgevoerd moeten worden voor elke te behouden vindplaats, gevolgd door monitoring van de conserveringscondities (bijvoorbeeld de waterhuishouding) en toekomstige controles van de geconstateerde kwaliteit.
Zuurstof
Bij de aanleg van waterpartijen boven vindplaatsen moet de groei van diepwortelend riet vermeden worden. De beworteling zorgt niet alleen voor fysieke schade, maar ook voor de toevoer van zuurstof die schadelijk kan zijn voor met name organische materialen. Op het eerste gezicht is de gaafheid van sites in Flevoland snel te bepalen: óf het is aangeploegd óf het zit zo diep dat het wel goed zit. Bij nadere bestudering van bijvoorbeeld de pollenkwaliteit blijken er toch grote verschillen te kunnen bestaan binnen een paar meter. Desalniettemin is in vergelijking met andere provincies een eerste inschatting van de gaafheid in Flevoland relatief makkelijk te maken.