Een deel van de scheepswrakken op land wordt bedreigd door grondbewerkingen en uitdroging. Uit inspecties blijkt dat diverse wrakken er slecht aan toe zijn. Deze wrakken zullen fysiek beschermd moeten worden middels inkuilen, afdekken of door de percelen te onttrekken aan de reguliere agrarische bestemming. Afdekken kan afdoende zijn wanneer een wrak permanent onder de grondwaterspiegel ligt, maar wordt bedreigd door grondwerkzaamheden zoals diepploegen.
Bij een fluctuerende grondwaterstand is inkuilen (afdekken met grond, vervolgens inpakken in landbouwplastic en daar overheen weer grond) de methode om een wrak te beschermen. Inkuilen werkt alleen op plaatsen waar onder het wrak een ondoorlatende laag aanwezig is om het instromende regenwater vast te houden. Over het algemeen zijn dit gebieden met een dik pakket Holocene afzettingen waarbij het Pleistoceen dus diep ligt. Als inkuilen of afdekken niet afdoende zijn, zal de informatie die deze wrakken vertegenwoordigen moeten worden veilig gesteld door ze op te graven. Overigens is het voor het scheepsarcheologisch onderzoek van belang om met enige regelmaat een scheepswrak op te graven, om nieuw gerezen onderzoeksvragen te beantwoorden.