Naast de scheepswrakken op land bevindt zich een onbekend aantal wrakken op en in de bodem van het IJsselmeer, het Markermeer en de Randmeren. Toekomstige ontwikkelingen in het IJsselmeergebied kunnen deze wrakken bedreigen. Zie voor informatie over de plannen voor het IJsselmeergebied de ‘Agenda IJsselmeergebied 2050'.
Wrakken in de waterbodem kunnen met multibeam of side-scan-sonar worden opgespoord. Een groot gedeelte van de waterbodem voor Hoorn is door de gemeente in samenwerking met de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed in kaart gebracht. In het Eemmeer bij Spakenburg bevindt zich een wrakkenkerkhof waar tussen 1880 en 1973 afgedankte schepen van de Spakenburgse vloot afgezonken zijn.