Het is belangrijk om de stand van de natuur in het Markermeer-IJmeer te volgen. Provincie Flevoland heeft hiervoor samen met de partners de Natuurthermometer ontwikkeld. Het doel van de Natuurthermometer is om beleidsmedewerkers, bestuurders, vergunningverleners en andere geïnteresseerden op een laagdrempelige manier te informeren over de ecologische toestand van het Markermeer-IJmeer. Hieruit kan worden afgeleid of er een natuuropgave is of dat er ruimte is voor (economische) ontwikkelingen. De Natuurthermometer is opgebouwd uit deelthermometers die de huidige toestand weergeven van:
- Natura 2000
- Kaderrichtlijn Water (KRW)
- Toekomstbestendig Ecologisch Systeem (TBES)
De thermometer wordt 1 keer in de 3 jaar opgesteld. In 2014 verscheen de eerste editie, in 2019 de tweede (met de meetgegevens van 2017) en in 2021 de derde (met de meetgegevens van 2020). Op de website Markermeer-IJmeer zijn de thermometers te downloaden.